《機動戰士高達 THE ORIGIN》系列的第6作。繼續講述了因父亡故而變成孤兒的卡斯巴爾與阿爾黛西亞，在動盪大時代的洪流之中，面臨的又一場人生鉅變……標題中的“赤色彗星”便是夏亞·阿茲納布爾的稱號。由於夏亞的機體無論是扎古、大魔，還是後來的沙扎比等都是紅色的，夏亞操縱 這些機體風騷地馳騁在戰場上，故被敵人稱作“赤色彗星”。
當方塊世界的天空被紫色暗影撕裂，末影軍團的嘶吼刺破晝夜，從崩塌的像素塊中驚醒 —— 他不僅穿越到了熟悉的 MC 異世界，更成了預言中唯一能喚醒「源初方塊」力量的覺醒者。左手凝結火焰方塊焚盡浮空島的暗影，右手召喚水流屏障抵擋末影人的瞬移突襲，林野在逃亡中結識了掌握古老紅石技藝的機械師艾拉，以及能與末影生物溝通的神祕少女莉莉安。三人組成的臨時小隊，必須跨越被虛空侵蝕、熔岩橫流的下界廢墟，在末影龍甦醒前
