故事背景在劇場版《蒼穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年後，由於與來主操的邂逅，龍宮島獲得了與Mir對話的手段，這也給島帶來了可能性。阿爾維斯的孩子們一邊進行戰鬥的準備，一邊摸索着理解敵人的方法。2年後的現在，龍宮島獲得了更進一步的進化，理解Festum語言的少女與被Festum所守護的少女，當兩人相遇之時，新世界的門將打開……
當方塊世界的天空被紫色暗影撕裂，末影軍團的嘶吼刺破晝夜，從崩塌的像素塊中驚醒 —— 他不僅穿越到了熟悉的 MC 異世界，更成了預言中唯一能喚醒「源初方塊」力量的覺醒者。左手凝結火焰方塊焚盡浮空島的暗影，右手召喚水流屏障抵擋末影人的瞬移突襲，林野在逃亡中結識了掌握古老紅石技藝的機械師艾拉，以及能與末影生物溝通的神祕少女莉莉安。三人組成的臨時小隊，必須跨越被虛空侵蝕、熔岩橫流的下界廢墟，在末影龍甦醒前
