城市在恢復平靜後，大反派重新召集舊部捲土重來，並勾結外星惡勢力朗格試圖稱霸地球，忍者神龜萊昂納多（皮特·普勞澤克 Pete Ploszek 飾）、拉斐爾（阿蘭·裏奇森 Alan Ritchson 飾）、多納泰羅（傑瑞米·霍華德 Jeremy Howard 飾）和米開朗基羅（諾爾·費舍 Noel Fisher 飾）與女記者艾蓓麗爾·奧尼爾（梅根·福克斯 Megan Fox 飾）、韋恩·芬威克（威爾·阿奈特 Will Arnett 飾），及面具義警凱西·瓊斯（斯蒂芬·阿梅爾 Stephen Amell 飾）並肩作戰打擊惡徒。在史萊德（布萊恩·泰 Brian Tee 飾）逃脫拘留後，他與瘋狂的科學家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 飾）及其兩個笨拙的左膀右臂豬面和牛頭聯合，發佈了一個控制世界的惡魔計劃。在神龜們與史萊德及其同夥對抗的同時，他們發現自己正面臨着一個更邪惡的力量大反派格朗，神龜們面對的將是宇宙級的強大對手。